L’agri-agence Fert est signataire de la charte éthique de Coordination SUD.
Le conseil d’administration soumet chaque année au vote de l’Assemblée Générale les comptes certifiés par le Commissaire aux Comptes de l’association. Les comptes sont ensuite publiés au Journal Officiel.
Les financements publics proviennent majoritairement de l’AFD et de l’UE. Les financements privés proviennent essentiellement d’Unigrains et de Fondations d’entreprises.